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awesome 3 でウィンドウの透明度を設定するには ~/.config/awesome/rc.lua で

function hook_focus(c)
    if not awful.client.ismarked(c) then
        c.border_color = beautiful.border_focus
        c.opacity = 1.0 -- <-
    end
end
-- ...
function hook_unfocus(c)
    if not awful.client.ismarked(c) then
        c.border_color = beautiful.border_normal
        c.opacity = 0.8 -- <-
    end
end

とかやれば良いらしい (X の Composite 拡張と xcompmgr も要る)。

で、実際 awesome 3.0 rc5 でやってみたら、フォーカスを失ったウィンドウは確かに色が薄くなるけど下のウィンドウは透けなかった。別のタグに移ったときに前のウィンドウが表示されていたりとかもあった。
なので結局該当部分をコメントアウトした。

ちなみに awesome 2.3.x の頃は ~/.awesomerc に

general
{
    opacity_focused = 1.0
    opacity_unfocused = 0.8
}

とか書いていた。

そもそもタイル型ウィンドウマネージャで透明度を設定して得られるものは何かあるかなと思ったりもする。